过了数千年，太阳神再次复活,回到地上。他为了要惩罚世人,执行神的旨意,要地面被洪水淹没,重新创造一个属于神的世界。他还主动地找雅典娜,要求她一起统治新的世界。 　　这时,星矢等人来到找沙织,却被太阳神的日冕战士所阻止,而且阿波罗更以神力使到在十二宫中死去的黄金圣斗士复活。眼看着星矢被人毒打,沙织却无动于衷,还跟着阿波罗回太阳神殿。 　　原来,沙织因为看到阿波罗强大的神力,自知圣斗士跟本不是他的对手,希望自己可以暗杀阿波罗。可是最后却失败了,雅典娜反被阿波罗所杀。修罗和卡妙首先发难,但是却被三名日冕战士围攻,力战而亡。 　　星矢知道女神已死,于是来太阳神殿找阿波罗算账,途中遇上亚多拉斯。毫无斗志,一心求死的星矢,很快便被亚多拉斯打败了。另一方面,紫龙,冰河和瞬也赶到。紫龙被迪斯马斯克的积尸气冥界波打进冥界,还看到正在走向黄泉尽头的沙织,他于是使出庐山升龙霸的真正实力把迪斯马斯克击倒,可是却中了皮利基的偷袭。瞬遇上阿布罗狄,更被他的白玫瑰刺中,这时凤凰的羽毛出现,一辉打败了阿布罗狄后也中了亚多拉斯的重击。冰河安全的到达太阳神殿,因为不愿意为雅典娜制造冰棺而与贝烈尼凯对决。冰河打倒贝烈尼凯后也身受重伤。星矢再次站起,从撒加的口中知道要救沙织,必须切断阿波罗引领沙织走向黄泉的小宇宙,即是说还有一线的希望。撒加要星矢离去,自己则对付加欧,并与他同归于尽。 　　五人来到阿波罗神殿,但被亚多拉斯一一击倒。不过,从不放弃的星矢,穿上人马座黄金圣衣,而紫龙及冰河也分别穿上他们师父的天秤座及水瓶座黄金圣衣。他们打败亚多拉斯后被阿波罗的小宇宙攻击,只有星矢避开了。星矢虽然不能伤害阿波罗,但却以小宇宙的力量救回雅典娜。星矢从新振作,发挥超越神的力量,一箭射倒了阿波罗。这颗巨大的太阳,最终也落下去了。

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